Se esperaba que la terminal empezara a funcionar en 2016, sin embargo, ese año la Comisión Internacional Contra la Impunidad en Guatemala (CICIG) y el Ministerio Público (MP) reveló que propietarios de la Terminal de Contenedores Quetzal habían entregado más de US$24.5 millones en soborno para beneficiar principalmente a Pérez Molina, a la ex vicepresidenta Roxana Baldetti y a otros diez exfuncionarios. Lo dado a conocer en el caso penal hizo que la Procuraduría General de la Nación (PGN) demandara la nulidad del contrato de usufructo que tiene la EPQ con la TCQ. Con estas acciones surgieron una serie de eventos, incluyendo la intervención judicial de la empresa privada, que son las principales razones que han evitado que la Terminal de Contenedores Quetzal inicie sus operaciones. En caso de que la Junta Directiva de la EPQ impruebe el acta de cumplimiento de requisitos de la TCQ, esta empresa tiene una